cancerul si genomica

5/13/2018 cancerul si genomica - slidepdf.com

http://slidepdf.com/reader/full/cancerul-si-genomica 1/13

CANCERUL SI GENOMICA

P. Andrew Futreal, Arek Kasprzyk, Ewan Birney,

James C. Mullikin, Richard Wooster & Michael R.

Stratton



SCOPUL EXPERIMENTULUI

Unul din scopurile principale ale cercetarii canceruluieste identificarea genelor care dau nastere la oncogene

Au fost cautate astfel de gene pornind de la secventagenomului uman dar nu au fost descoperite noioncogene

S-au cautat modificari oncogenice ale secventelor

genelor in celule canceroase, comparand secventelegenomice din celule canceroase cu secvetele genomuluiuman. Metoda prezinta un grad mare de rezultate falspozitive



CANCERUL

Toate tipurile de cancer sunt provocate de anomalii la

nivelul secventelor genelor

De-a lungul vietii ADN din celulele umane este supus la

mutatii si la greseli in replicare, ceea ce provoaca

modificari subtile

Ocazional una din aceste mutatii somatice modifica

functionarea unei gene critice, ceea ce furnizeaza un

avantaj de crestere celulei in care se produce si conducela nasterea unei clone pornind de la aceasta celula.

Au fost identificate in jur de 30 gene supresoare

tumorale si mai mult de 100 oncogene dominante



Identificarea genelor implicate in cancer

Singura metoda de a identifica astfel de gene era

localizarea lor intr-o anumit regiune din genom prin

diferite tehnici de cartare, apoi screeningul genelor din

aceasta regiune.

Informatile obtinute astfel erau adesea confuze si uneori

gresite

Numeroase gene ale cancerului nu lasa ³identificatori´ in

genom deci, nu pot fi detectate pe aceasta cale



Utilizarea secventei genomului uman pentru

identificarea de noi gene ale cancerului

1

Generarea unei liste mai lungi de posibili candidati prin

cautarea asemanarilor cu genele cunoscute ale

cancerului

Nivelul de stringenta al acestei cercetari la nivelul

proteinelor a fost o identitate a aminoacizilor de 50% sau

mai mult pentru un minim de 50 aminoacizi

Nu au fost descoperite noi gene implicate in cancer;

acest lucru s-ar putea datora unui deficit in setul deproteine

In mod previzibil, atunci cand a scazut stringenta

cercetarii, numarul de potriviri a crescut, dar multe din

acestea sunt discutabile.



Pentru a confirma rezultatele s-a realizat o cautare

exhaustiva a unei gene (TP53) fata de schita generala agenomului uman, luand in considerare orice posibila

predictie genica sau orice cadru de citire

Nici aceasta cercetare aditionala nu a condus la detectia

de noi asemanari. Lipsa de noi oncogene poate reflecta importanta

medicala si biologica a familiilor genice implicate in

cancer.

Asemanari si paralele ar putea fi ascunse in regiuni incanesecventiate ale genomului uman sau au reusit sa

scape detectiei datorita deficientei predictiei genice



2

S-a incercat utilizarea bibliotecilor de secvente ADNc

(programul CGAP) in conjunctie cu secventa genomuluiuman pentru a cauta un tip nou de alterare in cancer.

Rearanjamentele genelor care duc la activareaoncogenelor pot aparea ca rezultat al translocarilor cromosomale.

Au fost studiate toate secventele de ADNc obtinute dinprobe de tesut normal si din probe neoplazice.

Au fost selectate clonele din care s-au obtinut douasecvente (215.889 clone normale si 25.446 clonecancer).

S-a cautat apoi in secventa genomica pentru potriviri aleacestor secvente pereche de ADNc care ar permitelocalizarea lor cromosomala.



Majoritatea perechilor de secvente din aceeasi clona de

ADNc au fost cartate in aceeasi pozitie in genom.

Dar au fost cateva perechi derivate dintr-o singura colna

ADNc care au fost localizate in doua regiuni diferite ale

genomului care ar putea reprezenta transcripti ai genelor

chimerice

Analizele efectuate au evidentiat proportii egale de

transcripti aparent chimerici atat in tesuturile normale cat

si in cancer (3% din clone in ambele cazuri), indicand ungrad semnificativ de rezultate fals pozitive



CONCLUZII

Secventa genomului uman nu va releva imediat naturaanomaliilor genomice implicate in cancer

este nevoie de secventa finala a genomului uman, care

va furniza un cadru de lucru pentru o noua generatie decomparatii la scara mare intre celulele canceroase sigenomul normal

Sunt necesare noi tehnologii; in prezent nu exista nici o

tehnologie care sa detecteze toate tipurile de anomalii(deletii mari, rearanjamente, substitutii, insertii si deletii mici, amplificari, modificari epigenice precum metilarea)prezente in celulele canceroase.



CONCLUZII

noi strategii diferite de

cele care depind de

localizarea genomica

primara si va permite

studierea sistematicaa genomului pentru

descoperirea de

mutatii.

Sunt necesare eforturi

si costuri foarte mari

pentru acoperirea

rezonabila a intregului

genom.

cancerul si genomica

Documents